------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- Top-ranked similarities (based on backbone shifts), as measured by a combination of score and contiguity. Some relevant parameters: HELIX min length: 5 STRAND min length: 3 shift-tolerance = -10 permissible-violations = 4 max-breaks = NIL retain-m = 100 best-n = 100 anglethresh = 0.5 septhresh = 5 min_length = 4 rmsd-tol = 9.9999999999999E12 Legend: ( ix1 chain1 ) ( ix2 chain2 ) rho___12 rho___21 L2_ERROR (Xbad Xsig Xtot) BRK maxrho12 maxrho21 SS1 SS2 ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- ( 5954 1uay_A) ( 42 1a4i_A) 0.3125 0.4999 5.3334 ( 0 2 10) 0 0.5000 0.7997 16 10 ( 5954 1uay_A) ( 265 1b16_A) 0.8719 0.8719 2.4825 ( 2 51 91) 0 0.8740 0.8740 16 16 ( 5954 1uay_A) ( 312 1b7g_O) 0.5625 0.6922 3.4299 ( 0 14 36) 0 0.6220 0.7608 16 13 ( 5954 1uay_A) ( 319 1b8p_A) 0.6248 0.9075 5.0745 ( 0 19 45) 0 0.6861 0.9913 16 11 ( 5954 1uay_A) ( 352 1bdb ) 0.8749 0.7777 2.5101 ( 0 52 91) 0 0.8749 0.7777 16 18 ( 5954 1uay_A) ( 377 1bg6 ) 0.5606 0.4989 5.7295 ( 1 17 36) 0 0.5606 0.4989 16 18 ( 5954 1uay_A) ( 506 1c1d_A) 0.3500 0.4203 7.6280 ( 1 5 15) 0 0.4999 0.6663 16 12 ( 5954 1uay_A) ( 707 1cyd_A) 0.9169 0.8217 2.4410 ( 3 51 105) 0 0.9362 0.8326 16 18 ( 5954 1uay_A) ( 781 1db3_A) 0.8749 0.6363 2.7874 ( 0 55 91) 0 0.8749 0.6363 16 22 ( 5954 1uay_A) ( 847 1dih ) 0.4375 0.9988 4.2147 ( 0 2 21) 0 0.4375 0.9988 16 7 ( 5954 1uay_A) ( 873 1dlj_A) 0.6240 0.6240 4.5865 ( 1 23 45) 0 0.6240 0.6240 16 16 ( 5954 1uay_A) ( 906 1dpg_A) 0.6874 0.8458 3.8587 ( 0 26 55) 0 0.6874 0.8458 16 13 ( 5954 1uay_A) ( 972 1dxy ) 0.3750 0.3750 6.3159 ( 0 2 15) 0 0.6870 0.6870 16 16 ( 5954 1uay_A) ( 1053 1e6u_A) 0.6874 0.5000 3.7491 ( 0 29 55) 0 0.6874 0.5000 16 22 ( 5954 1uay_A) ( 1071 1e7w_A) 0.8750 0.8235 1.7333 ( 0 51 91) 0 0.9283 0.8755 16 17 ( 5954 1uay_A) ( 1094 1ebf_A) 0.6167 0.8006 5.0560 ( 1 13 45) 0 0.6167 0.8006 16 12 ( 5954 1uay_A) ( 1117 1edz_A) 0.3125 0.4167 2.8594 ( 0 4 10) 0 0.4998 0.6657 16 12 ( 5954 1uay_A) ( 1189 1ek6_A) 0.8118 0.5908 4.2322 ( 1 41 78) 0 0.8118 0.5908 16 22 ( 5954 1uay_A) ( 1219 1enp ) 0.8750 0.7778 2.0797 ( 0 54 91) 0 0.8750 0.7778 16 18 ( 5954 1uay_A) ( 1221 1eny ) 0.8724 0.8216 2.3116 ( 2 53 91) 0 0.8724 0.8216 16 17 ( 5954 1uay_A) ( 1242 1eq2_A) 0.7927 0.5867 2.9273 ( 3 43 78) 0 0.8045 0.5892 16 22 ( 5954 1uay_A) ( 1355 1f14_A) 0.4948 0.5262 3.1991 ( 1 11 28) 0 0.6030 0.6371 16 15 ( 5954 1uay_A) ( 1436 1f8f_A) 0.4375 0.5000 2.5616 ( 0 7 21) 0 0.6874 0.7854 16 14 ( 5954 1uay_A) ( 1487 1ff9_A) 0.7495 0.7994 4.7249 ( 0 32 66) 0 0.7495 0.7994 16 15 ( 5954 1uay_A) ( 1531 1fjh_A) 0.6875 0.6875 2.6221 ( 0 25 55) 0 0.7483 0.7483 16 16 ( 5954 1uay_A) ( 1560 1fmc_A) 0.9343 0.8800 1.9180 ( 2 55 105) 0 0.9343 0.8800 16 17 ( 5954 1uay_A) ( 1804 1gdh_A) 0.3750 0.4285 6.2130 ( 0 2 15) 0 0.6871 0.7849 16 14 ( 5954 1uay_A) ( 1807 1gee_A) 0.8748 0.6999 1.9285 ( 1 51 91) 0 0.8828 0.7305 16 20 ( 5954 1uay_A) ( 1809 1geg_A) 0.9345 0.8801 2.4929 ( 2 56 105) 0 0.9345 0.8801 16 17 ( 5954 1uay_A) ( 1899 1gpj_A) 0.4373 0.5824 7.7763 ( 0 4 21) 0 0.6248 0.8325 16 12 ( 5954 1uay_A) ( 1922 1gr0_A) 0.6248 0.7139 4.9421 ( 0 19 45) 0 0.6248 0.7139 16 14 ( 5954 1uay_A) ( 1948 1gtm_A) 0.3749 0.3749 6.8837 ( 0 6 15) 0 0.6812 0.6812 16 16 ( 5954 1uay_A) ( 1956 1gu7_A) 0.3749 0.3529 6.4855 ( 0 4 15) 0 0.6868 0.6466 16 17 ( 5954 1uay_A) ( 2004 1gy8_A) 0.7499 0.5217 3.2618 ( 0 36 66) 0 0.8038 0.5951 16 23 ( 5954 1uay_A) ( 2016 1gz3_A) 0.3750 0.3529 4.2162 ( 0 5 15) 0 0.6249 0.5881 16 17 ( 5954 1uay_A) ( 2017 1gz6_A) 0.8748 0.6999 2.0758 ( 1 50 91) 0 0.8748 0.7176 16 20 ( 5954 1uay_A) ( 2046 1h2b_A) 0.3125 0.3571 3.6109 ( 0 3 10) 0 0.6874 0.7855 16 14 ( 5954 1uay_A) ( 2090 1h5q_A) 0.8748 0.6999 1.3542 ( 1 51 91) 0 0.8829 0.7305 16 20 ( 5954 1uay_A) ( 2095 1h6d_A) 0.6248 0.7139 4.8704 ( 0 16 45) 0 0.6856 0.7820 16 14 ( 5954 1uay_A) ( 2180 1hdc_A) 0.8513 0.8058 1.9169 ( 3 45 91) 0 0.8664 0.8171 16 17 ( 5954 1uay_A) ( 2189 1hdo_A) 0.7500 0.8000 2.5080 ( 0 35 66) 0 0.7500 0.8000 16 15 ( 5954 1uay_A) ( 2194 1het_A) 0.4375 0.4667 2.5491 ( 0 6 21) 0 0.6873 0.7331 16 15 ( 5954 1uay_A) ( 2270 1hrd_A) 0.3750 0.3750 5.2404 ( 0 3 15) 0 0.5624 0.5624 16 16 ( 5954 1uay_A) ( 2309 1hwx_A) 0.3125 0.2941 6.4293 ( 0 1 10) 0 0.5684 0.5515 16 17 ( 5954 1uay_A) ( 2316 1hxh_A) 0.8746 0.8746 2.3787 ( 1 44 91) 0 0.8746 0.8746 16 16 ( 5954 1uay_A) ( 2328 1hye_A) 0.6248 0.9076 4.9899 ( 0 19 45) 0 0.6248 0.9076 16 11 ( 5954 1uay_A) ( 2330 1hyh_A) 0.6230 0.8961 5.0409 ( 1 19 45) 0 0.6242 0.9041 16 11 ( 5954 1uay_A) ( 2368 1i24_A) 0.5000 0.2963 4.0799 ( 0 11 28) 0 0.8700 0.5181 16 27 ( 5954 1uay_A) ( 2376 1i36_A) 0.3125 0.3333 6.2731 ( 0 2 10) 0 0.6231 0.6641 16 15 ( 5954 1uay_A) ( 2463 1id1_A) 0.6250 0.7691 3.2585 ( 0 20 45) 0 0.6250 0.7691 16 13 ( 5954 1uay_A) ( 2615 1iuk_A) 0.5558 0.7235 4.7299 ( 1 12 36) 0 0.6220 0.8209 16 12 ( 5954 1uay_A) ( 2657 1iy8_A) 0.9375 0.8823 1.8068 ( 0 52 105) 0 0.9375 0.8823 16 17 ( 5954 1uay_A) ( 2674 1iz0_A) 0.4374 0.4665 6.7231 ( 0 3 21) 0 0.6873 0.7331 16 15 ( 5954 1uay_A) ( 2725 1j3v_A) 0.5623 0.6425 5.2992 ( 0 13 36) 0 0.5623 0.6425 16 14 ( 5954 1uay_A) ( 2736 1j5p_A) 0.5986 0.8178 4.7647 ( 2 19 45) 0 0.6229 0.9788 16 10 ( 5954 1uay_A) ( 2781 1ja9_A) 0.8750 0.8235 2.1512 ( 0 53 91) 0 0.9367 0.8817 16 17 ( 5954 1uay_A) ( 2789 1jax_A) 0.3125 0.2500 3.0355 ( 0 2 10) 0 0.6232 0.4994 16 20 ( 5954 1uay_A) ( 3017 1jqb_A) 0.4375 0.4667 2.8027 ( 0 8 21) 0 0.6874 0.7331 16 15 ( 5954 1uay_A) ( 3059 1jtv_A) 0.8124 0.7222 2.6312 ( 0 39 78) 0 0.8124 0.7222 16 18 ( 5954 1uay_A) ( 3072 1jvb_A) 0.3125 0.3846 3.4447 ( 0 2 10) 0 0.6854 0.8402 16 13 ( 5954 1uay_A) ( 3144 1k2w_A) 0.8750 0.8235 1.6066 ( 0 55 91) 0 0.9361 0.8813 16 17 ( 5954 1uay_A) ( 3192 1k6j_A) 0.7500 0.5000 2.3021 ( 0 35 66) 0 0.8101 0.5413 16 24 ( 5954 1uay_A) ( 3257 1kbz_A) 0.8114 0.6838 5.3053 ( 0 32 78) 0 0.8114 0.6838 16 19 ( 5954 1uay_A) ( 3385 1kol_A) 0.4374 0.4374 6.9919 ( 0 6 21) 0 0.6874 0.6874 16 16 ( 5954 1uay_A) ( 3414 1ks9_A) 0.5620 0.5291 6.8506 ( 0 10 36) 0 0.5620 0.5291 16 17 ( 5954 1uay_A) ( 3481 1kyq_A) 0.3750 0.5996 5.8835 ( 0 0 15) 0 0.5000 0.7996 16 10 ( 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( 5954 1uay_A) ( 4067 1mx3_A) 0.3750 0.4285 6.2444 ( 0 2 15) 0 0.6872 0.7852 16 14 ( 5954 1uay_A) ( 4131 1n5d_A) 0.8748 0.8234 2.2810 ( 1 52 91) 0 0.8748 0.8234 16 17 ( 5954 1uay_A) ( 4341 1np3_A) 0.3125 0.2941 5.9765 ( 0 2 10) 0 0.6568 0.6239 16 17 ( 5954 1uay_A) ( 4351 1npy_A) 0.3750 0.4615 3.0413 ( 0 6 15) 0 0.6856 0.8407 16 13 ( 5954 1uay_A) ( 4404 1nvm_B) 0.5625 0.7498 3.8685 ( 0 12 36) 0 0.6249 0.8329 16 12 ( 5954 1uay_A) ( 4409 1nvt_A) 0.4375 0.5833 4.0506 ( 0 8 21) 0 0.6248 0.8326 16 12 ( 5954 1uay_A) ( 4417 1nwc_A) 0.5576 0.7886 3.8879 ( 1 13 36) 0 0.6862 0.9916 16 11 ( 5954 1uay_A) ( 4430 1nxq_A) 0.9351 0.8320 2.2394 ( 2 59 105) 0 0.9351 0.8320 16 18 ( 5954 1uay_A) ( 4447 1nyt_A) 0.3750 0.4615 3.1522 ( 0 6 15) 0 0.6860 0.8419 16 13 ( 5954 1uay_A) ( 4499 1o5i_A) 0.9371 0.8821 2.4885 ( 1 52 105) 0 0.9371 0.8821 16 17 ( 5954 1uay_A) ( 4520 1o6z_A) 0.6230 0.8962 4.9363 ( 1 19 45) 0 0.6230 0.8962 16 11 ( 5954 1uay_A) ( 4549 1o89_A) 0.3750 0.4614 6.4704 ( 0 5 15) 0 0.6869 0.8446 16 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