------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- Top-ranked similarities (based on backbone shifts), as measured by a combination of score and contiguity. Some relevant parameters: HELIX min length: 5 STRAND min length: 3 shift-tolerance = -10 permissible-violations = 4 max-breaks = NIL retain-m = 100 best-n = 100 anglethresh = 0.5 septhresh = 5 min_length = 4 rmsd-tol = 9.9999999999999E12 Legend: ( ix1 chain1 ) ( ix2 chain2 ) rho___12 rho___21 L2_ERROR (Xbad Xsig Xtot) BRK maxrho12 maxrho21 SS1 SS2 ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- ( 4941 1p9h_A) ( 25 1a28_A) nil ( 4941 1p9h_A) ( 41 1a4i_A) nil ( 4941 1p9h_A) ( 51 1a6c_A) nil ( 4941 1p9h_A) ( 62 1a79_A) nil ( 4941 1p9h_A) ( 64 1a7s ) 0.2409 0.2281 19.0157 ( 2 5 6) 0 0.3998 0.3077 10 13 ( 4941 1p9h_A) ( 77 1a8r_A) nil ( 4941 1p9h_A) ( 91 1aa6 ) 0.3997 0.1143 9.0759 ( 0 0 6) 0 0.3997 0.1143 10 35 ( 4941 1p9h_A) ( 96 1aba ) nil ( 4941 1p9h_A) ( 129 1ahs_A) 0.3999 0.4442 7.5996 ( 0 1 6) 0 0.3999 0.4442 10 9 ( 4941 1p9h_A) ( 136 1aiu ) nil ( 4941 1p9h_A) ( 147 1all_A) nil ( 4941 1p9h_A) ( 150 1aln ) nil ( 4941 1p9h_A) ( 153 1aly ) nil ( 4941 1p9h_A) ( 155 1am7_A) nil ( 4941 1p9h_A) ( 157 1amf ) nil ( 4941 1p9h_A) ( 161 1an8 ) nil ( 4941 1p9h_A) ( 162 1an8 ) 0.3991 0.4972 12.3791 ( 0 0 6) 0 0.3991 0.4972 10 8 ( 4941 1p9h_A) ( 169 1aoh_A) nil ( 4941 1p9h_A) ( 177 1aoz_A) nil ( 4941 1p9h_A) ( 191 1aqz_A) nil ( 4941 1p9h_A) ( 198 1at0 ) 0.3999 0.2666 7.8643 ( 0 0 6) 0 0.6981 0.4664 10 15 ( 4941 1p9h_A) ( 207 1aua ) 0.4000 0.3077 4.4458 ( 0 0 6) 0 0.4000 0.3077 10 13 ( 4941 1p9h_A) ( 233 1axi_B) nil ( 4941 1p9h_A) ( 259 1b0b ) nil ( 4941 1p9h_A) ( 293 1b5l ) nil ( 4941 1p9h_A) ( 300 1b6a ) nil ( 4941 1p9h_A) ( 305 1b6r_A) nil ( 4941 1p9h_A) ( 307 1b74_A) nil ( 4941 1p9h_A) ( 315 1b8a_A) nil ( 4941 1p9h_A) ( 317 1b8d_A) nil ( 4941 1p9h_A) ( 329 1b9o_A) nil ( 4941 1p9h_A) ( 340 1bb9 ) nil ( 4941 1p9h_A) ( 350 1bd7_A) 0.3999 0.2353 6.1248 ( 0 2 6) 0 0.7964 0.4703 10 17 ( 4941 1p9h_A) ( 351 1bd8 ) nil ( 4941 1p9h_A) ( 360 1beb_A) nil ( 4941 1p9h_A) ( 361 1bed ) nil ( 4941 1p9h_A) ( 365 1bf2 ) nil ( 4941 1p9h_A) ( 367 1bf2 ) nil ( 4941 1p9h_A) ( 372 1bfg ) nil ( 4941 1p9h_A) ( 387 1bhg_A) nil ( 4941 1p9h_A) ( 405 1bih_A) nil ( 4941 1p9h_A) ( 417 1bkf ) nil ( 4941 1p9h_A) ( 420 1bkz_A) nil ( 4941 1p9h_A) ( 433 1bo4_A) nil ( 4941 1p9h_A) ( 442 1bou_B) nil ( 4941 1p9h_A) ( 460 1btn ) nil ( 4941 1p9h_A) ( 472 1bup_A) nil ( 4941 1p9h_A) ( 491 1byf_A) nil ( 4941 1p9h_A) ( 495 1byr_A) 0.3998 0.3332 8.7212 ( 0 0 6) 0 0.3998 0.3332 10 12 ( 4941 1p9h_A) ( 541 1c8b_A) nil ( 4941 1p9h_A) ( 543 1c8n_A) 0.3996 0.2856 10.1429 ( 0 0 6) 0 0.4996 0.3571 10 14 ( 4941 1p9h_A) ( 553 1cb8_A) nil ( 4941 1p9h_A) ( 561 1cc8_A) nil ( 4941 1p9h_A) ( 584 1cg2_A) nil ( 4941 1p9h_A) ( 587 1cgh_A) nil ( 4941 1p9h_A) ( 609 1cjc_A) nil ( 4941 1p9h_A) ( 619 1ckm_A) 0.3986 0.2221 13.7844 ( 0 3 6) 0 0.3986 0.2221 10 18 ( 4941 1p9h_A) ( 624 1cl1_A) nil ( 4941 1p9h_A) ( 635 1cmx_A) nil ( 4941 1p9h_A) ( 672 1cs8_A) 0.3979 0.1999 15.2833 ( 0 1 6) 0 0.3979 0.1999 10 20 ( 4941 1p9h_A) ( 678 1ct9_A) nil ( 4941 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