------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- Top-ranked similarities (based on backbone shifts), as measured by a combination of score and contiguity. Some relevant parameters: HELIX min length: 5 STRAND min length: 3 shift-tolerance = -10 permissible-violations = 4 max-breaks = NIL retain-m = 100 best-n = 100 anglethresh = 0.5 septhresh = 5 min_length = 4 rmsd-tol = 9.9999999999999E12 Legend: ( ix1 chain1 ) ( ix2 chain2 ) rho___12 rho___21 L2_ERROR (Xbad Xsig Xtot) BRK maxrho12 maxrho21 SS1 SS2 ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- ( 2950 1jkw ) ( 25 1a28_A) 0.4900 0.2820 11.3250 ( 1 6 6) 0 0.7096 0.3570 7 14 ( 2950 1jkw ) ( 41 1a4i_A) nil ( 2950 1jkw ) ( 51 1a6c_A) nil ( 2950 1jkw ) ( 62 1a79_A) nil ( 2950 1jkw ) ( 64 1a7s ) nil ( 2950 1jkw ) ( 77 1a8r_A) 0.5431 0.3062 19.3045 ( 0 4 6) 0 0.5431 0.3062 7 13 ( 2950 1jkw ) ( 91 1aa6 ) 0.4450 0.1142 9.4421 ( 1 5 6) 0 0.4450 0.1348 7 35 ( 2950 1jkw ) ( 96 1aba ) nil ( 2950 1jkw ) ( 129 1ahs_A) nil ( 2950 1jkw ) ( 136 1aiu ) nil ( 2950 1jkw ) ( 147 1all_A) 0.5708 0.4997 7.1832 ( 0 5 6) 0 0.5708 0.4997 7 8 ( 2950 1jkw ) ( 150 1aln ) nil ( 2950 1jkw ) ( 153 1aly ) nil ( 2950 1jkw ) ( 155 1am7_A) 0.3784 0.3666 11.9884 ( 1 4 6) 0 0.3784 0.3666 7 8 ( 2950 1jkw ) ( 157 1amf ) 0.4446 0.1987 10.8880 ( 1 5 6) 0 0.4446 0.1987 7 20 ( 2950 1jkw ) ( 161 1an8 ) nil ( 2950 1jkw ) ( 162 1an8 ) nil ( 2950 1jkw ) ( 169 1aoh_A) nil ( 2950 1jkw ) ( 177 1aoz_A) nil ( 2950 1jkw ) ( 191 1aqz_A) nil ( 2950 1jkw ) ( 198 1at0 ) nil ( 2950 1jkw ) ( 207 1aua ) 0.5692 0.3076 9.9526 ( 0 5 6) 0 0.5692 0.3076 7 13 ( 2950 1jkw ) ( 233 1axi_B) nil ( 2950 1jkw ) ( 259 1b0b ) 0.4447 0.4447 10.6940 ( 1 5 6) 0 0.4447 0.4447 7 7 ( 2950 1jkw ) ( 293 1b5l ) nil ( 2950 1jkw ) ( 300 1b6a ) nil ( 2950 1jkw ) ( 305 1b6r_A) 0.4891 0.2481 12.5483 ( 1 6 6) 0 0.4891 0.2481 7 16 ( 2950 1jkw ) ( 307 1b74_A) nil ( 2950 1jkw ) ( 315 1b8a_A) nil ( 2950 1jkw ) ( 317 1b8d_A) 0.5709 0.4443 6.7836 ( 0 4 6) 0 0.5710 0.4443 7 9 ( 2950 1jkw ) ( 329 1b9o_A) 0.5641 0.5641 13.4421 ( 0 5 6) 0 0.5641 0.5641 7 7 ( 2950 1jkw ) ( 340 1bb9 ) nil ( 2950 1jkw ) ( 350 1bd7_A) nil ( 2950 1jkw ) ( 351 1bd8 ) nil ( 2950 1jkw ) ( 360 1beb_A) nil ( 2950 1jkw ) ( 361 1bed ) 0.5700 0.3332 8.8516 ( 0 3 6) 0 0.5700 0.3332 7 12 ( 2950 1jkw ) ( 365 1bf2 ) nil ( 2950 1jkw ) ( 367 1bf2 ) nil ( 2950 1jkw ) ( 372 1bfg ) nil ( 2950 1jkw ) ( 387 1bhg_A) nil ( 2950 1jkw ) ( 405 1bih_A) nil ( 2950 1jkw ) ( 417 1bkf ) nil ( 2950 1jkw ) ( 420 1bkz_A) nil ( 2950 1jkw ) ( 433 1bo4_A) 0.5706 0.3999 7.7255 ( 0 5 6) 0 0.5706 0.3999 7 10 ( 2950 1jkw ) ( 442 1bou_B) nil ( 2950 1jkw ) ( 460 1btn ) nil ( 2950 1jkw ) ( 472 1bup_A) nil ( 2950 1jkw ) ( 491 1byf_A) nil ( 2950 1jkw ) ( 495 1byr_A) nil ( 2950 1jkw ) ( 541 1c8b_A) nil ( 2950 1jkw ) ( 543 1c8n_A) nil ( 2950 1jkw ) ( 553 1cb8_A) 0.3788 0.2549 9.8243 ( 1 4 6) 0 0.3788 0.2549 7 15 ( 2950 1jkw ) ( 561 1cc8_A) nil ( 2950 1jkw ) ( 584 1cg2_A) nil ( 2950 1jkw ) ( 587 1cgh_A) nil ( 2950 1jkw ) ( 609 1cjc_A) nil ( 2950 1jkw ) ( 619 1ckm_A) nil ( 2950 1jkw ) ( 624 1cl1_A) nil ( 2950 1jkw ) ( 635 1cmx_A) nil ( 2950 1jkw ) ( 672 1cs8_A) 0.3788 0.1970 9.9597 ( 1 4 6) 0 0.3788 0.1970 7 20 ( 2950 1jkw ) ( 678 1ct9_A) 0.5669 0.1818 11.8606 ( 0 5 6) 0 0.5669 0.1995 7 22 ( 2950 1jkw ) ( 683 1cuk ) nil ( 2950 1jkw ) ( 719 1d0n_A) nil ( 2950 1jkw ) ( 729 1d2f_A) 0.4444 0.1895 11.4729 ( 1 5 6) 0 0.4444 0.1895 7 21 ( 2950 1jkw ) ( 735 1d2p_A) nil ( 2950 1jkw ) ( 740 1d3b_A) nil ( 2950 1jkw ) ( 765 1d7p_M) nil ( 2950 1jkw ) ( 767 1d7y_A) nil ( 2950 1jkw ) ( 782 1dbh_A) 0.5688 0.2856 10.3484 ( 0 6 6) 0 0.5688 0.3157 7 14 ( 2950 1jkw ) ( 792 1dce_B) 0.4452 0.2785 8.1416 ( 1 5 6) 0 0.4452 0.2785 7 14 ( 2950 1jkw ) ( 795 1dcj_A) nil ( 2950 1jkw ) ( 796 1dcp_A) nil ( 2950 1jkw ) ( 801 1dcz_A) nil ( 2950 1jkw ) ( 812 1de4_C) nil ( 2950 1jkw ) ( 818 1df7_A) nil ( 2950 1jkw ) ( 819 1df9_A) nil ( 2950 1jkw ) ( 824 1dfc_A) nil ( 2950 1jkw ) ( 834 1dgs_A) 0.5713 0.3077 4.6835 ( 0 5 6) 0 0.5713 0.3077 7 13 ( 2950 1jkw ) ( 861 1dki_A) nil ( 2950 1jkw ) ( 901 1doz_A) 0.5476 0.1904 18.3843 ( 0 5 6) 0 0.5476 0.1904 7 21 ( 2950 1jkw ) ( 904 1dp7_P) nil ( 2950 1jkw ) ( 913 1dq3_A) nil ( 2950 1jkw ) ( 928 1drk ) nil ( 2950 1jkw ) ( 937 1dtj_A) nil ( 2950 1jkw ) ( 943 1dus_A) nil ( 2950 1jkw ) ( 945 1duv_G) 0.2477 0.2284 10.3567 ( 2 5 6) 0 0.2477 0.2284 7 13 ( 2950 1jkw ) ( 949 1dv1_A) nil ( 2950 1jkw ) ( 960 1dx4_A) 0.4389 0.1211 17.8979 ( 1 5 6) 0 0.4389 0.1211 7 33 ( 2950 1jkw ) ( 978 1dys_A) 0.3786 0.2172 11.1537 ( 1 4 6) 0 0.3786 0.2172 7 18 ( 2950 1jkw ) ( 980 1dz3_A) nil ( 2950 1jkw ) ( 1005 1e29_A) nil ( 2950 1jkw ) ( 1007 1e2t_A) nil ( 2950 1jkw ) ( 1008 1e2w_A) nil ( 2950 1jkw ) ( 1034 1e4f_T) nil ( 2950 1jkw ) ( 1043 1e5k_A) nil ( 2950 1jkw ) ( 1082 1ea5_A) 0.5698 0.1176 9.2015 ( 0 3 6) 0 0.5698 0.1176 7 34 ( 2950 1jkw ) ( 1084 1eaf ) nil ( 2950 1jkw ) ( 1121 1eej_A) nil ( 2950 1jkw ) ( 1124 1eem_A) 0.5692 0.4989 9.8897 ( 0 4 6) 0 0.5692 0.4989 7 8 ( 2950 1jkw ) ( 1165 1ehy_A) 0.3786 0.2066 11.0044 ( 1 4 6) 0 0.3786 0.2066 7 19 ( 2950 1jkw ) ( 1167 1ei1_A) 0.4439 0.3665 12.6213 ( 1 5 6) 0 0.4439 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