------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- Top-ranked similarities (based on backbone shifts), as measured by a combination of score and contiguity. Some relevant parameters: HELIX min length: 5 STRAND min length: 3 shift-tolerance = -10 permissible-violations = 4 max-breaks = NIL retain-m = 100 best-n = 100 anglethresh = 0.5 septhresh = 5 min_length = 4 rmsd-tol = 9.9999999999999E12 Legend: ( ix1 chain1 ) ( ix2 chain2 ) rho___12 rho___21 L2_ERROR (Xbad Xsig Xtot) BRK maxrho12 maxrho21 SS1 SS2 ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- ( 2703 1j1v_A) ( 25 1a28_A) 0.6582 0.2856 11.4843 ( 0 4 6) 0 0.6582 0.2856 6 14 ( 2703 1j1v_A) ( 41 1a4i_A) nil ( 2703 1j1v_A) ( 51 1a6c_A) nil ( 2703 1j1v_A) ( 62 1a79_A) nil ( 2703 1j1v_A) ( 64 1a7s ) nil ( 2703 1j1v_A) ( 77 1a8r_A) nil ( 2703 1j1v_A) ( 91 1aa6 ) 0.6646 0.1143 8.0058 ( 0 3 6) 0 0.6646 0.1348 6 35 ( 2703 1j1v_A) ( 96 1aba ) nil ( 2703 1j1v_A) ( 129 1ahs_A) nil ( 2703 1j1v_A) ( 136 1aiu ) nil ( 2703 1j1v_A) ( 147 1all_A) 0.6643 0.4994 8.3188 ( 0 6 6) 0 0.6643 0.4994 6 8 ( 2703 1j1v_A) ( 150 1aln ) nil ( 2703 1j1v_A) ( 153 1aly ) nil ( 2703 1j1v_A) ( 155 1am7_A) 0.2488 0.2462 9.2731 ( 2 5 6) 0 0.2488 0.2462 6 8 ( 2703 1j1v_A) ( 157 1amf ) 0.2488 0.1835 8.9069 ( 2 5 6) 0 0.2488 0.1835 6 20 ( 2703 1j1v_A) ( 161 1an8 ) nil ( 2703 1j1v_A) ( 162 1an8 ) nil ( 2703 1j1v_A) ( 169 1aoh_A) nil ( 2703 1j1v_A) ( 177 1aoz_A) nil ( 2703 1j1v_A) ( 191 1aqz_A) nil ( 2703 1j1v_A) ( 198 1at0 ) nil ( 2703 1j1v_A) ( 207 1aua ) 0.6645 0.3076 8.1283 ( 0 5 6) 0 0.6645 0.3076 6 13 ( 2703 1j1v_A) ( 233 1axi_B) nil ( 2703 1j1v_A) ( 259 1b0b ) 0.2970 0.2945 7.2472 ( 2 6 6) 0 0.2970 0.2945 6 7 ( 2703 1j1v_A) ( 293 1b5l ) nil ( 2703 1j1v_A) ( 300 1b6a ) nil ( 2703 1j1v_A) ( 305 1b6r_A) 0.2969 0.2265 10.2354 ( 2 6 6) 0 0.2969 0.2265 6 16 ( 2703 1j1v_A) ( 307 1b74_A) 0.2970 0.2910 7.9356 ( 2 6 6) 0 0.2970 0.2910 6 8 ( 2703 1j1v_A) ( 315 1b8a_A) nil ( 2703 1j1v_A) ( 317 1b8d_A) 0.4647 0.3928 12.5518 ( 1 5 6) 0 0.4654 0.3931 6 9 ( 2703 1j1v_A) ( 329 1b9o_A) nil ( 2703 1j1v_A) ( 340 1bb9 ) nil ( 2703 1j1v_A) ( 350 1bd7_A) nil ( 2703 1j1v_A) ( 351 1bd8 ) nil ( 2703 1j1v_A) ( 360 1beb_A) nil ( 2703 1j1v_A) ( 361 1bed ) 0.6646 0.3333 8.0308 ( 0 6 6) 0 0.6646 0.3333 6 12 ( 2703 1j1v_A) ( 365 1bf2 ) nil ( 2703 1j1v_A) ( 367 1bf2 ) nil ( 2703 1j1v_A) ( 372 1bfg ) nil ( 2703 1j1v_A) ( 387 1bhg_A) nil ( 2703 1j1v_A) ( 405 1bih_A) nil ( 2703 1j1v_A) ( 417 1bkf ) nil ( 2703 1j1v_A) ( 420 1bkz_A) nil ( 2703 1j1v_A) ( 433 1bo4_A) 0.1665 0.1654 9.8769 ( 3 5 6) 0 0.1665 0.1654 6 10 ( 2703 1j1v_A) ( 442 1bou_B) nil ( 2703 1j1v_A) ( 460 1btn ) nil ( 2703 1j1v_A) ( 472 1bup_A) 0.6611 0.3332 10.2971 ( 0 6 6) 0 0.6627 0.3332 6 12 ( 2703 1j1v_A) ( 491 1byf_A) nil ( 2703 1j1v_A) ( 495 1byr_A) nil ( 2703 1j1v_A) ( 541 1c8b_A) nil ( 2703 1j1v_A) ( 543 1c8n_A) nil ( 2703 1j1v_A) ( 553 1cb8_A) 0.6628 0.2666 9.4240 ( 0 5 6) 0 0.6628 0.2666 6 15 ( 2703 1j1v_A) ( 561 1cc8_A) nil ( 2703 1j1v_A) ( 584 1cg2_A) nil ( 2703 1j1v_A) ( 587 1cgh_A) nil ( 2703 1j1v_A) ( 609 1cjc_A) nil ( 2703 1j1v_A) ( 619 1ckm_A) nil ( 2703 1j1v_A) ( 624 1cl1_A) 0.6587 0.1481 11.3098 ( 0 5 6) 0 0.6587 0.1481 6 27 ( 2703 1j1v_A) ( 635 1cmx_A) 0.2488 0.2284 8.2976 ( 2 5 6) 0 0.2488 0.2284 6 13 ( 2703 1j1v_A) ( 672 1cs8_A) 0.4661 0.1987 9.4854 ( 1 5 6) 0 0.4661 0.1987 6 20 ( 2703 1j1v_A) ( 678 1ct9_A) 0.6626 0.1818 9.5243 ( 0 6 6) 0 0.6626 0.2550 6 22 ( 2703 1j1v_A) ( 683 1cuk ) nil ( 2703 1j1v_A) ( 719 1d0n_A) nil ( 2703 1j1v_A) ( 729 1d2f_A) nil ( 2703 1j1v_A) ( 735 1d2p_A) nil ( 2703 1j1v_A) ( 740 1d3b_A) nil ( 2703 1j1v_A) ( 765 1d7p_M) nil ( 2703 1j1v_A) ( 767 1d7y_A) nil ( 2703 1j1v_A) ( 782 1dbh_A) 0.4633 0.2783 14.2852 ( 1 5 6) 0 0.4633 0.2783 6 14 ( 2703 1j1v_A) ( 792 1dce_B) 0.4664 0.2785 8.4301 ( 1 5 6) 0 0.4664 0.2785 6 14 ( 2703 1j1v_A) ( 795 1dcj_A) nil ( 2703 1j1v_A) ( 796 1dcp_A) nil ( 2703 1j1v_A) ( 801 1dcz_A) nil ( 2703 1j1v_A) ( 812 1de4_C) nil ( 2703 1j1v_A) ( 818 1df7_A) nil ( 2703 1j1v_A) ( 819 1df9_A) nil ( 2703 1j1v_A) ( 824 1dfc_A) nil ( 2703 1j1v_A) ( 834 1dgs_A) 0.8301 0.3845 6.8061 ( 0 10 10) 0 0.8301 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