------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- Top-ranked similarities (based on backbone shifts), as measured by a combination of score and contiguity. Some relevant parameters: HELIX min length: 5 STRAND min length: 3 shift-tolerance = -10 permissible-violations = 4 max-breaks = NIL retain-m = 100 best-n = 100 anglethresh = 0.5 septhresh = 5 min_length = 4 rmsd-tol = 9.9999999999999E12 Legend: ( ix1 chain1 ) ( ix2 chain2 ) rho___12 rho___21 L2_ERROR (Xbad Xsig Xtot) BRK maxrho12 maxrho21 SS1 SS2 ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- ( 1987 1gwc_A) ( 25 1a28_A) 0.4996 0.2857 7.5305 ( 0 3 6) 0 0.4996 0.2857 8 14 ( 1987 1gwc_A) ( 41 1a4i_A) nil ( 1987 1gwc_A) ( 51 1a6c_A) nil ( 1987 1gwc_A) ( 62 1a79_A) nil ( 1987 1gwc_A) ( 64 1a7s ) nil ( 1987 1gwc_A) ( 77 1a8r_A) 0.4200 0.2975 9.6140 ( 1 5 6) 0 0.4200 0.2975 8 13 ( 1987 1gwc_A) ( 91 1aa6 ) 0.4995 0.1143 8.0353 ( 0 3 6) 0 0.7472 0.1714 8 35 ( 1987 1gwc_A) ( 96 1aba ) nil ( 1987 1gwc_A) ( 129 1ahs_A) nil ( 1987 1gwc_A) ( 136 1aiu ) 0.1662 0.1662 9.4455 ( 3 5 6) 0 0.1662 0.1662 8 8 ( 1987 1gwc_A) ( 147 1all_A) 0.6234 0.6234 8.0921 ( 0 5 10) 0 0.6234 0.6234 8 8 ( 1987 1gwc_A) ( 150 1aln ) nil ( 1987 1gwc_A) ( 153 1aly ) nil ( 1987 1gwc_A) ( 155 1am7_A) 0.4960 0.4960 13.6106 ( 0 5 6) 0 0.4960 0.4960 8 8 ( 1987 1gwc_A) ( 157 1amf ) 0.4978 0.2000 11.6473 ( 0 4 6) 0 0.4978 0.2000 8 20 ( 1987 1gwc_A) ( 161 1an8 ) nil ( 1987 1gwc_A) ( 162 1an8 ) nil ( 1987 1gwc_A) ( 169 1aoh_A) nil ( 1987 1gwc_A) ( 177 1aoz_A) nil ( 1987 1gwc_A) ( 191 1aqz_A) nil ( 1987 1gwc_A) ( 198 1at0 ) nil ( 1987 1gwc_A) ( 207 1aua ) 0.4976 0.3075 11.9043 ( 0 3 6) 0 0.4976 0.3075 8 13 ( 1987 1gwc_A) ( 233 1axi_B) nil ( 1987 1gwc_A) ( 259 1b0b ) 0.4998 0.5710 6.6670 ( 0 4 6) 0 0.4998 0.5710 8 7 ( 1987 1gwc_A) ( 293 1b5l ) 0.0999 0.0999 14.7142 ( 1 1 6) 0 0.0999 0.0999 8 6 ( 1987 1gwc_A) ( 300 1b6a ) nil ( 1987 1gwc_A) ( 305 1b6r_A) 0.2462 0.2102 11.8549 ( 2 5 6) 0 0.2462 0.2102 8 16 ( 1987 1gwc_A) ( 307 1b74_A) nil ( 1987 1gwc_A) ( 315 1b8a_A) nil ( 1987 1gwc_A) ( 317 1b8d_A) 0.4996 0.4442 7.6852 ( 0 0 6) 0 0.4996 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1cb8_A) 0.4999 0.2667 5.0246 ( 0 4 6) 0 0.7420 0.3996 8 15 ( 1987 1gwc_A) ( 561 1cc8_A) nil ( 1987 1gwc_A) ( 584 1cg2_A) nil ( 1987 1gwc_A) ( 587 1cgh_A) nil ( 1987 1gwc_A) ( 609 1cjc_A) 0.4198 0.2785 10.8696 ( 1 5 6) 0 0.4198 0.2785 8 14 ( 1987 1gwc_A) ( 619 1ckm_A) nil ( 1987 1gwc_A) ( 624 1cl1_A) 0.4988 0.1481 10.1322 ( 0 3 6) 0 0.4988 0.1481 8 27 ( 1987 1gwc_A) ( 635 1cmx_A) nil ( 1987 1gwc_A) ( 672 1cs8_A) 0.2462 0.1835 12.6762 ( 2 5 6) 0 0.2462 0.1835 8 20 ( 1987 1gwc_A) ( 678 1ct9_A) 0.4998 0.1818 6.3142 ( 0 0 6) 0 0.6242 0.2273 8 22 ( 1987 1gwc_A) ( 683 1cuk ) nil ( 1987 1gwc_A) ( 719 1d0n_A) nil ( 1987 1gwc_A) ( 729 1d2f_A) 0.2908 0.1834 12.3283 ( 1 3 6) 0 0.2908 0.1834 8 21 ( 1987 1gwc_A) ( 735 1d2p_A) nil ( 1987 1gwc_A) ( 740 1d3b_A) nil ( 1987 1gwc_A) ( 765 1d7p_M) nil ( 1987 1gwc_A) ( 767 1d7y_A) nil ( 1987 1gwc_A) ( 782 1dbh_A) 0.4981 0.2856 11.1890 ( 0 4 6) 0 0.5130 0.3465 8 14 ( 1987 1gwc_A) ( 792 1dce_B) 0.6246 0.3571 5.7849 ( 0 6 10) 0 0.7473 0.4284 8 14 ( 1987 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